Двигатель ЯМЗ-М206 по конструкции аналогичен двигателю ЯМЗ-М204, имеет ряд одинаковых с ним размеров и взаимозаменяемых узлов и деталей и отличается только деталями, размеры которых увеличены в связи с увеличением числа цилиндров.
К числу таких деталей относятся блок цилиндров с головкой и поддоном, коленчатый вал, распределительный и уравновешивающий валы, маховик, крышка клапанного механизма и др.
Семиопорный коленчатый вал имеет шесть кривошипов, расположенных под углом 60°. К щекам первого и шестого кривошипов прикреплены болтами вротивовесы. На переднем конце вала установлен гаситель крутильных колебаний, закрепленный на шкиве привода вентилятора.
Уравновешивание сил инерции в двигателях ЯМЗ-М206 осуществляется таким же способом, как и в двигателях ЯМЗ-М204.
Для уменьшения крутильных колебаний распределительного и уравновешивающего валов, имеющих значительную длину, передние противовесы их сделаны составными и снабжены гасителями колебаний.
Каждый противовес представляет собой основание, которое ступицей закрепляется на конце вала. На кольцевую шейку ступицы на втулке шарнирно установлен балансир противовеса. В балансире имеется фигурное окно, на площадки которого опираются концами два пакета листовых пружин; между пакетами пружин входит кулачок, укрепленный на основании болтом с шайбой, соединяющим все детали противовеса.
При возникновении колебаний вала балансир также начинает колебаться на ступице, смещаясь относительно основания противовеса. При этом пружины, упираясь средней частью в кулачок, прогибаются, и вследствие трения между листами пружин колебания вала гасятся.